اولین بنای حرم مطهّرحضرت شاهچراغ(ع) را به زمان عضدالدوله دیلمی فرزند حسن ملقب به رکن الدوله از سلاطین آل بویه نسبت می دهند. (338 تا 317 هـ.ق)

تعمیرات بنای قبلی واضافه نمودن ابنیه جدید در زمان اتابکان فارس(623 تا 659 هـ.ق) به دستور امیر مقرب الدین مسعود بدر الدین وزیر اتابک ابوبکر سعد زنگی صورت گرفته است. بعداً  در سال 912 هـ.ق توسط شاه اسماعیل صفوی تعمیراتی در بقعه مطهّره انجام می گیرد.

 در سال 1141 هـ.ق به دستور نادر شاه افشار تعمیرات بعدی صورت می گیرد.در مورد انگیزه این اقدام مطالب مختلفی بیان شده که یکی از آنها این است که نادر شاه پیش از اینکه شیراز را از سلطه افغان ها آزاد کند نذر می نماید چنانچه بر افغانها پیروز شد؛ تعمیر هایی در شاهچراغ انجام دهد. لذا بعد از پیروزی هزارو پانصد تومان پول رایج آن زمان برای تعمیر و مقدار 720 مثقال طلای ناب جهت ساختن قندیلی در بالای ضریح اهداء می کند.

اگر چه در زلزله های شیراز به خصوص در سال های 997 و 1239 هـ.ق بخش های عمده ساختمان حرم مطهّر ویران می گردد لکن با همت مسؤولین حرم مطهّر و مردم در زمان حسینعلی میرزا حاکم فارس(1239 هـ.ق) و فتحعلی شاه قاجار (1243 هـ.ق) مرمت و بازسازی می شود. آينه كاري سقف و ديوارهاي حرم نيز در سال 1305 ه.ق توسط استاد زين العابدين پايان يافته است.

ساختار كنوني

علاقه و محبت دوستداران اهل بیت سبب شده است حرم مطهّر و روضه منوّرۀ حضرت شاهچراغ(ع) در اعصار مختلف تعمیر، توسعه و تکمیل گردد. پس از پیروزی انقلاب شکوهمند اسلامی عملیات عمرانی وسیعی در حرمین شریفین احمدی و محمّدی علیهما السلام آغاز گرديد كه همچنان ادامه دارد. من جمله احداث و تکمیل سالن بزرگ بالای سرو آينه كاري سقف و دیوارهای قسمت قدیمی حرم. منبر بزرگی نيز در قسمت جنوبی این سالن نصب گردیده که از مرمر یک پارچه ساخته و به طرز زیبایی حجاری شده است.