درسال 1243 هـ.ق درزمان فتحعلی شاه قاجار ضريحي ساخته شد كه طول آن 3.25 متر و عرض 1.75 متر بوده است و با نقره پوشیده شده و اطرافش اشعاری به زبان عربی و فارسی و سلام و صلوات بر ائمّه اطهار علیهم السلام منقوش بوده است. 

بعداً ضریح دیگری ساخته می شود که توضیخات آن عیناً از کتاب هدیه احمدی نقل می گردد: «مکان ضریح که مضجع امام زاده است مقدار ده سانتیمتر از سطح حرم بلند تر و با سنگ مرمر بسیار عالی مفروش گردیده است، طرفین ضریح از سمت دیوار 1.80 متر فاصله دارد صندوق داخل ضریح از چوب ساده تهیه و به وسیله پارچه سبزی روپوش گردیده است. مساحت ضریح فعلی (2.23 متر مربع-2.23×1 متر ) می باشد. اسکلت آن از چوب ساده و به شکل مکعب مستطیل که قسمتی از آن با نقره روپوش شده و شبکه های نقره در چهار طرف آن قرار دارد و قسمت های نا تمام در دست اقدام و تهیه می باشد. سابقاً قرآنی به خط کوفی که کتابتش را منسوب به حضرت حضرت علی(ع) می دانند و خوشبختانه رقم آن حضرت را نیز دارد روی مرقد حضرت امام زاده احمد بن موسی (ع) قرار داشته و حاج معتمد الدوله فرهاد میرزا به دوران حکومت خود مقرر می دارد به قطع آن قرآن، جعبه ای از خاتم ساخته و در آن محفظه نگاهداری گردد و در سال های اخیر از نظر حفاظت قرآن و جعبه خاتم هر دو را به موزه پارس منتقل و در قفسۀ شیشه ای از هر دو به نحو شایسته ای نگاهداری می گردد. یک چارپایه بلند لوستر، چهار شاخه ای در داخل ضریح گذاشته شده و بعضی شب ها آن را روشن می کنند آیینه کاری دیوارهای شمالی و جنوبی (طرفین) ضریح در زمان سلطنت محمد شاه قاجار به سال 1257 هـ.ق صورت گرفته است.»

ساختار كنوني

ضریح مطهّر تماماً از نقره ساخته شده و بالای آن با برگ های طلایی تزیین گردیده است. طول ضریح مطهّر 3.58 مــتر، عرض 2.26 متر و ارتفاع آن 2.92 متر می باشد. در داخل ضریح، روی مرقد مطهّر صندوقی بسیار زیبا از خاتم ساخته شده است. ستون های بدنه داخلی و سقف ضریح مطهّر با خاتم و چوب تزيين شده است. خاتم کاری داخل اين ضریح مطهّردر سال 1382 هـ.ش در عصر شکوهمند جمهوری اسلامی ایران در كارگاه آستان مقدس ساخته شد است.