از آنجا که میز امانات رابطه کاربران و مجموعه کتابخانه می باشند، میز امانات در سالن های مطالعه قرار گرفته و پاسخگوی پرسشهای تخصصی و غیر تخصصی مراجعه کنندگان محترم می باشد.  

وابستگی کتابخانه به آستان مقدس احمدبن موسی (ع) باعث شده تا مکانی آرام ، با معماری منحصر به فرد و تلفیقی از معماری اسلامی ، سنتی و نوین را یکجا در سالن های مطالعه جمع آورد.

 این سالن های با مدرن ترین تجهیزات و مطابق با استانداردهای روز دنیا تجهیز شده اند و امکان ارائه خدماتی از قبیل: امانت کتب درخواستی کاربران، بازگشت کتب و ارسال آنها به مخزن کتابخانه، تمدید کتب، ثبت نام کاربران، تمدید کارت عضویت ، راهنمایی و آموزش کاربران جهت استفاده از نرم افزار کتابخانه، پاسخگویی تلفنی سوالات کاربران، ارائه خدمات به اعضای مهمان و همچنین ارائه خدمات تالار پژوهش و  نشریات
می باشند.

ساعت کاری میز امانت و سالن مطالعه خواهران و برادران روزهای شنبه تا چهار شنبه (غیر از تعطیلات رسمی) از 8 صبح لغایت17:45 و روزهای پنجشنبه از 8 صبح لغایت 15:45  بوده و مدت امانت کتاب برای هر عضو 14 روز می باشد .

•  رزرو كتاب: يكي از خدمات مربوط به بخش امانت امكان رزرو كتاب است. هر زمان كه مراجعه كننده براي امانت كتاب به ميزامانت رجوع كند؛ چنانچه كتابمورد نظر در امانت فرد دیگری باشد مي تواند درخواست رزرو كتاب مورد نظر را به شماره عضویت خویش ثبت نمايد. 

در صورت عدم مراجعه متقاضي پس از مهلت تعيين شده كتابدار مي تواند كتاب رزرو شده را در اختيار متقاضي ديگر قرار دهد.